临床上，常常把扁平疣分为：稳定期扁平疣、进展期扁平疣、消退期扁平疣三种。

从严格意义上来讲，进展期扁平疣是指体内的人类乳头瘤病毒正在不断复制增多的时期，此时机体的免疫力不能完全抵抗病毒的感染和传播，处于“敌强我弱”的时期。稳定期扁平疣是指体内的病毒数量长时期处于相对平衡，不再有明显变化的时期，此时，机体抵抗力与病毒的侵袭力量旗鼓相当，处于“相持不下”的阶段。消退期扁平疣是指体内的病毒数量不断地减少，此时的机体免疫力已经开始恢复，能够战胜病毒的感染。

当然，病毒是否正在复制，是不容易检测的，所以，临床上一般以疣体的变化来间接评估病情所处的时期。疣体不断增多的时期，一般来说表明体内的病毒正在不断复制增多，基本可以判断为进展期；如果疣体的数量长时期处于既不增多，但也不减少的状态，一般来说表明体内的病毒与机体免疫力处于“相持不下”的状态，基本上可以判断为稳定期；如果疣体数量不断减少，则可判断为消退期。当然，此判断方法是经验判断，与实际情况大部分是一致的，但也不可避免地有所偏差，如：有些疣体长时期是处于稳定的，但可因为患者的免疫力下降而出现疣体迅速增多的现象。

临床上还有一种情况，疣体在短期内迅速暴发性增多，习惯上把此种情况称为暴发期，实际上是属于比较严重的进展期。由于扁平疣的传染性以及机体免疫能力变化，稳定期扁平疣易易在各种因素如休息不好，精神刺激，饮食等因素的刺激下转化为进展期扁平疣（进展期扁平疣最重要的特征是扁平疣发痒）。因此，发生扁平疣后，应当及时治疗。

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